Chính phủ Cộng hòa tự trị Nam Kỳ hay còn gọi tên khác là "Nam Kỳ tự trị", về danh nghĩa được Hội đồng Nam Kỳ thành lập ngày 27 tháng 5 năm 1946, dưới sự "sắp đặt" của Jean Marie Arsène Cédile[25] (Ủy viên cộng hòa Pháp tại Nam Bộ) và Georges Thierry d'Argenlieu[26] (Cao ủy Pháp tại Đông Dương). Đây được xem là một chiêu bài chủ đạo của Pháp nhằm tách Nam Kỳ ra khỏi Việt Nam.[25] Tuy nhiên, chính quyền này bị công luận cho là "bù nhìn" và ly khai, phá hoại việc đất nước thống nhất, nên chỉ tồn tại trong thời gian ngắn rồi bị giải thể.

Chính phủ Cộng hòa tự trị Nam Kỳ là một Chính phủ lâm thời thân Pháp có quyền lực nhỏ bé. Cộng hòa tự trị Nam Kỳ không được công luận ủng hộ. Người Pháp cũng không tin tưởng giao thực quyền cho Chính phủ này. Vì những lý do đó Chính phủ Cộng hòa tự trị Nam Kỳ có thể được xem là một thất bại.[27]

Đứng đầu Chính phủ là Thủ tướng do Hội đồng Cố vấn Nam Kỳ bầu lên. Hội đồng này do Ủy viên Cộng hòa Pháp, chức danh mới của Thống đốc Nam Kỳ, tuyển chọn. Người đó là Jean Marie Arsène Cédile, nắm quyền an ninh bên trong và bên ngoài nước Cộng hòa.[28] Ngoài ra Cao ủy Pháp tại Đông Dương (chức danh mới của Toàn quyền Đông Dương) còn có quyền phê chuẩn hoặc bác bỏ mọi bổ nhiệm của Thủ tướng.[29]

Khi Chính phủ tự trị Nam Kỳ được thành lập, ngoài các cuộc xung đột vũ trang ở Nam Bộ, Pháp đã nhiều lần gây hấn với Chính quyền nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa bằng việc tố cáo Ủy ban Hành chính lâm thời Nam Bộ là bất hợp pháp. Cao ủy Pháp tại Đông Dương thông báo với Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa rằng Nam Bộ là thuộc địa của Pháp do đó chỉ Quốc hội Pháp mới có thể quyết định sự thay đổi chính thể tại Nam Kỳ dựa trên kết quả của một cuộc trưng cầu ý dân tại Nam Kỳ. Đáp lại những tuyên bố gây hấn của Pháp về tính hợp pháp của Ủy ban Hành chính lâm thời Nam Bộ, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã trả lời cao ủy Pháp d'Argenlieu rằng ủy ban này được thành lập từ tháng 8/1945 dưới quyền chỉ huy của Chính phủ trung ương, ủy ban này được Hiệp định sơ bộ 6-3 và Tạm ước 14-9 công nhận.[28]

Chính phủ Nam Kỳ trải qua cải tổ nhiều lần:

• Chính phủ lâm thời ở Nam Kỳ (từ 26 tháng 3 đến 31 tháng năm 1946)
• Chính phủ Cộng hòa Nam Kỳ tự trị (từ 1 tháng 6 năm 1946 đến 7 tháng 10 năm 1947)
• Chính phủ Cộng hòa Nam Phần Việt Nam (từ 8 tháng 10 năm 1947 đến 27 tháng 5 năm 1948)

Ngày 27 tháng 5 năm 1948, Trung tướng Nguyễn Văn Xuân trở thành Thủ tướng của Chính phủ Trung ương lâm thời Việt Nam (Provisional Central Government of Vietnam).

Thủ tướng